SSL/SSH az ügyfél és kiszolgáló közt mozgó adatokat védi, és nem védi az adatbázisban tárolt megmaradó adatokat. Az SSL - kapcsolati protokoll.
Mihelyst a támadó közvetlen hozzáférést szerzett az adatbázishoz - megkerülve a webszervert -, a tárolt adatok védtelenné váltak, és visszaélhet velük, ha csak maga az adatbázis nem védi valahogy azokat. Az adatok titkosítása kellőképp enyhíti ezt a veszélyt, de jelenleg nagyon kevés adatbázis kezelő támogatja a titkosítást.
Ez a legkönnyebben saját titkosító csomag írásával oldható meg, amelyet utána a PHP szkriptből el lehet érni. Ebben az esetben a PHP segítséget nyújthat néhány kiterjesztésével, mint például az Mcrypt vagy az Mhash, amelyek nagyon sokféle titkosító algoritmust fednek le. A szkript az adatbázisban való tárolás előtt titkosítja a tárolni kívánt adatot, majd visszakereséskor visszafejti azokat. Nézd meg a hivatkozott fejezeteket további példákért, hogyan kell a titkosítást végrehajtani.
Olyan teljesen rejtett adatok esetén, amelyeknek nyílt ábrázolásukra nincs szükség, mert nem lesznek kiíratva, a hashelés alkalmazása is meggondolandó. A hashelés jól ismert példája az, hogy a jelszavak helyett, azoknak csak MD5 hash értékét tárolják az adatbzisban. Lásd még: crypt() és md5()!