Az Eclipse futási környezet megadja a bedolgozókat (org.eclipse.osgi és org.eclipse.core.runtime), amelyektől az összes többi bedolgozó függ. A futási környezet felelős a bedolgozók struktúrájának megadásáért és a mögöttes megvalósítási részletekért (kötegek és osztálybetöltők). A futási környezet a fő Eclipse alkalmazás megkereséséért és karbantartásáért, valamint a bedolgozók, kiterjesztéseik és kiterjesztési pontjainak lerakatának karbantartásáért is felelős.
A futási környezet egy segédprogram-készletet is biztosít, mint például a naplózás, hibakeresés-nyomkövetési lehetőségek, adapterek, beállítástároló és egy konkurencia infrastruktúra. Minimális kernel esetén a futási környezet csak akkor érdekes, ha létrehozásra kerülnek olyan bedolgozók, amelyek használják, és valamilyen feladatot hajtanak végre. Az Atlashoz hasonlóan a futási bedolgozó a bedolgozókupac alján helyezkedik el, és az Eclipse univerzumot tartja szilárd pontjain.