Aplikace Eclipse je ve výchozím nastavení spuštěna se všemi moduly plug-in pracovního prostoru a se všemi moduly plug-in vybranými na stránce předvoleb Vývoj modulu plug-in > Cílová platforma.
Je ovšem možné ručně vybrat moduly plug-in, s nimiž se má spustit, na kartě Moduly plug-in konfigurace spuštění.
Díky této volbě získáte sice velkou flexibilitu, ale současně riskujete také ukončení s neplatnou konfigurací. Tuto funkci používejte opatrně a často stiskněte Ověřit platnost sady modulů plug-in, abyste zkontrolovali, zda jsou splněny všechny závislosti mezi moduly plug-in ve vaší podmnožině.