Domyślnie aplikacja Eclipse jest uruchamiana razem ze wszystkimi modułami dodatkowymi z obszaru roboczego i wszystkimi modułami wybranymi na stronie preferencji Programowanie modułów dodatkowych > Platforma docelowa.
Istnieje również możliwość ręcznego wybrania podzbioru modułów dodatkowych do uruchomienia wraz z aplikacją na karcie Moduły dodatkowe konfiguracji startowej.
Zapewnia to doskonałą elastyczność, ale jednocześnie rodzi niebezpieczeństwo ustalenia niepoprawnej konfiguracji. Zalecane jest ostrożne używanie tej opcji i częste sprawdzanie konfiguracji za pomocą przycisku Sprawdź poprawność zestawu modułów dodatkowych, aby upewnić się, że wszystkie zależności między modułami dodatkowymi w określonym podzbiorze są spełnione.