Programu uruchamiającego wykonawcze środowisko robocze można także użyć do debugowania. W środowisku PDE nie ma funkcji specjalnej obsługi debugowania innych niż standardowe funkcje obsługi debugowania Java.
Aby uruchomić moduł dodatkowy w trybie debugowania, wystarczy kliknąć przycisk Debuguj na pasku narzędzi (zamiast przycisku Wykonaj). W kodzie źródłowym Java można umieścić punkty zatrzymania i krokowo wykonywać program od jednego punktu do następnego.
Środowisko PDE zapewnia podczas debugowania identyczność modułów dodatkowych obszaru roboczego i modułów zewnętrznych. Można przenosić się z klasy do klasy, nie wiedząc, czy wyświetlany kod to kod tylko do odczytu dołączany do zewnętrznych bibliotek czy też kod, który można edytować w używanym obszarze roboczym. Więcej informacji na temat debugowania można znaleźć w podręczniku JDT User Guide.
Gdy platforma docelowa jest inna niż platforma macierzysta i jest produktem, który nie zawiera kodu źródłowego, krokowe wykonywanie kodu nie będzie możliwe po wejściu do klas tej platformy. W niektórych produktach opartych na platformie kod źródłowy może nie być rozpowszechniany wraz z produktem, tylko jako część pakietu SDK tego produktu. W takim wypadku kod źródłowy będzie instalowany osobno (zwykle później). Kod źródłowy jest dostarczany w modułach dodatkowych, które zawierają pliki ZIP i są podłączane w punkcie rozszerzenia środowiska PDE w celu zarejestrowania położeń kodu źródłowego. Po powiązaniu bibliotek wykonawczych i załączników z kodem źródłowym środowisko PDE skanuje dostępne położenia kodu źródłowego, próbując znaleźć zgodne pliki ZIP zawierające kod źródłowy.
Alternatywnie można pobrać kod źródłowy na dysk i zarejestrować położenie ręcznie na stronie preferencji środowiska PDE:
Niektóre położenia będą już istniały, gdy instancja macierzysta sama jest pakietem SDK i zawiera źródłowe moduły dodatkowe. Nowe położenia można dodać, wybierając opcję Dodaj i wskazując poprawny katalog lokalny.