Существует два способа структурирования проектов Java.
Принятую по умолчанию структуру для новых проектов можно изменить на странице параметров (Окно > Параметры > Java > Путь компоновки).
Создание проекта Java как своего собственного исходного контейнера
Создание проекта Java с исходными папками
Создание нового класса Java
Создание нового интерфейса Java
Создание новой исходной папки
Создание элементов Java
Использование путей компоновки