В среде выполнения Eclipse есть модули (org.eclipse.osgi и org.eclipse.core.runtime), от которых зависят все остальные модули. Среда выполнения отвечает за определение структуры модулей и за их реализацию (комплекты и загрузчики классов). Кроме того, на среде выполнения лежит задача нахождения и выполнения главного приложения Eclipse и обслуживание реестра модулей, их расширений и точек расширения.
Еще среда выполнения предоставляет широкий спектр утилит, например, ведение протоколов, отладка и трассировка, адаптеры, хранилище атрибутов и параллельную инфраструктуру. Разумеется, нас в среде выполнения могут интересовать только создаваемые с ее помощью модули, выполняющие определенные задачи. Как на Атланта, на модуль среды выполнения опираются все остальные модули, и он держит Eclipse на своих надежных плечах.