По умолчанию при запуске приложения Eclipse также загружаются все модули рабочей области и все модули, выбранные на странице параметров Разработка модулей > Целевая платформа.
На вкладке Модули конфигурации запуска можно выбрать модули, которые следует загружать.
Однако, при этом вы рискуете получить ошибочную конфигурацию. Используйте кнопку Проверить набор модулей чтобы убедиться, что все зависимости модулей удовлетворены.