GNOME-DB è provvisto di una GUI di configurazione per effettuare i compiti dell'amministratore di database; tale strumento è l'applicazione gnomedb-mgr. Essa ha due scopi: il primo è di permettere la configurazione di tutto l'ambiente GNOME-DB, aggiungendo, togliendo e modificando le fonti dei dati ed i fornitori; il secondo è di fungere da contenitore per caricare i diversi componenti di configurazione DBMS, in modo da poter amministrare i database sottostanti.