Para actualizar Gekko core solo se necesita sobreescribir los archivos de la instalación antigüa con los archivos nuevos con excepción de dbconf.php y cgdb.php. Es probable que se tenga que revisar de nuevo los permisos de estos archivos.
Una vez que han sido reemplazados, navega hasta install.php y asegúrate de especificar "actualización"
El siguiente paso es la configuración para modulos nuevos (si es que el paquete los incluye)