Sia l'auto-hosting semplice (autonomo) che quello dei progetti binari presenta vantaggi e svantaggi. Lo stile da scegliere dipende in larga parte dallo scenario di utilizzo. In generale, sono valide le seguenti raccomandazioni:
La scelta dello stile di auto-hosting non viene mai effettuata preventivamente. Quando si esegue la ricerca dei riferimenti dei plug-in, il PDE parte dallo spazio di lavoro, per poi provare nei plug-in esterni abilitati. Se sono presenti progetti binari, verranno utilizzati. In caso contrario, verranno utilizzate librerie esterne qualificate con la variabile ECLIPSE_HOME. Nel passaggio da uno stile all'altro, è necessario solo ri-elaborare il percorso classi dei plug-in in fase di sviluppo.