Você pode organizar projetos Java de duas maneiras diferentes.
A organização padrão para novos projetos pode ser alterada nas páginas de preferências (Janela > Preferências > Java > Novo Projeto).
Criando um Projeto Java como seu Próprio Contêiner de Origem
Criando um Projeto Java com Pastas de Origem
Criando uma Nova Classe Java
Criando uma Nova Interface Java
Criando uma Nova Pasta de Origem
Criando Elementos Java
Trabalhando com Caminhos de Construção
Assistente para Novo Projeto Java
Página de Preferências
Novo Projeto