Dans la plupart des cas, l'ordre dans lequel les projets sont compilés est important. Par exemple, si un projet a besoin des classes Java définies dans un autre projet, le premier projet ne doit être compilé qu'une fois les classes requises compilées. Le plan de travail permet aux utilisateurs de définir explicitement l'ordre de compilation des projets. Mais les utilisateurs peuvent laisser le système calculer l'ordre des compilations par interprétation des références de projet comme relations prérequises. L'ordre des compilations est appliqué à la compilation de l'espace de travail tout entier comme à celle d'un groupe de projets.
La page de préférences de l'ordre des compilation permet de modifier cet ordre. Au départ, l'option Utiliser les valeurs par défaut est activée, c'est-à-dire que l'ordre des compilations est calculé par le système. Désactiver cette option donne accès à la liste de projets dont l'ordre peut alors être modifié. Sélectionnez des projets et cliquez sur les boutons Haut et Bas pour modifier l'ordre de compilation à votre gré. Cliquez sur les boutons Ajouter un projet et Supprimer un projet pour ajouter ou supprimer des projets dans la liste. Les projets retirés de la liste de compilation seront certes traités, mais seulement après les projets figurant dans celle-ci.
Dans la partie inférieure de cette page figure une préférence permettant de traiter l'ordre des compilations comportant des cycles. Idéalement, il est conseillé d'éviter les références cycliques entre projets. Les projets à cycles appartiennent logiquement à un seul et même projet et doivent donc être intégrés à celui-ci. Cependant, si des cycles sont indispensables, plusieurs itérations dans la liste de compilation sont parfois nécessaires. La modification de cette préférence influe sur le nombre maximal d'itérations dans la liste de compilation au-delà duquel le plan de travail abandonne le traitement.
La page des préférences de l'ordre des compilations se présente comme suit :