Il PDE utilizza la struttura di progetto presente nella piattaforma. Quando si utilizza il PDE, il lavoro viene organizzato in progetti, cartelle e file. Il PDE esegue una ricerca all'interno dei progetti contenuti nello spazio di lavoro, prestando particolare attenzione a quelli che presentano plug-in o frammenti di file manifest come elementi secondari immediati. Se un progetto contiene un manifest del plug-in, il PDE lo considera un progetto del plug-in. Inoltre, il PDE assocerà la natura di uno speciale PDE a tali progetti per avere la possibilità di associare programmi di creazione PDE speciali. (Vedere Nature dei progetti per una descrizione della funzione della natura del progetto di una piattaforma).
È noto che la piattaforma si basa sul concetto dei plug-in, che hanno una struttura e delle specifiche chiaramente definite. L'obiettivo del PDE è di garantire che vengano seguite le regole durante la creazione di nuovi plug-in, in modo che vengano incorporati correttamente nella piattaforma.
Il PDE gestisce plug-in all'interno dei progetti. Ciascun progetto rappresenta un plug-in e contiene cartelle e file che definiscono il plug-in e il modo in cui esso interagirà con la piattaforma. I plug-in si troveranno nello spazio di lavoro e verranno visualizzati nel pannello di selezione delle risorse e in altre viste in cui sono presenti le risorse dello spazio di lavoro (ad esempio Java Package Explorer).
Uno dei concetti più importanti del PDE da comprendere è quello delle istanze del workbench host e run-time. Una volta avviato, il workbench viene utilizzato per operare sui progetti che definiscono i plug-in in fase di creazione. L'istanza del workbench in esecuzione durante lo sviluppo del plug-in mediante il PDE e altri strumenti è l'istanza host.Le funzioni disponibili in questa istanza provengono esclusivamente dai plug-in installati con l'applicazione.
Una volta installati i plug-in, per poterli verificare è possibile avviare un'altra istanza del workbench, l'istanza run-time. Questa istanza conterrà gli stessi plug-in dell'istanza host, ma avrà anche i plug-in su cui l'utente lavorava nell'istanza host. L'utilità di avvio del PDE provvederà a unire i propri plug-in con i plug-in dell'host e a creare l'istanza run-time.
Poiché l'istanza del workbench run-time rappresenterà una raccolta di funzioni fornite da plug-in a partire da due diverse posizioni (lo spazio di lavoro corrente e l'installazione host originale), il PDE identifica questi plug-in come due diverse "specie."
I plug-in esterni e quelli dello spazio di lavoro vengono trattati diversamente dal PDE a causa del percorso in cui sono ubicati. Ad esempio, l'apertura del manifest di un plug-in dello spazio di lavoro provocherà l'avvio di un editor su tale file manifest nello spazio di lavoro. La stessa operazione per un plug-in esterno determina l'avvio di un editor su un URL esterno che fa riferimento al file manifest del plug-in nel percorso di installazione host.
Tali differenze sono evidenti agli utenti PDE ma è necessario comprenderle.