Moduł debugowania JDT składa się z kilku modułów dodatkowych obsługujących uruchamianie i debugowanie kodu Java.
Pakiet org.eclipse.jdt.launching udostępnia klasy służące do uruchamiania środowisk wykonawczych Java z poziomu platformy. Klasa JavaRuntime implementuje metody static pozwalające uzyskiwać dostęp do zarejestrowanych maszyn VM, ustalać ścieżki klas środowiska wykonawczego i ścieżki wyszukiwania źródła. Rodzina maszyn VM (np. JDK) jest reprezentowana przez interfejs IVMInstallType. Interfejs IVMInstall reprezentuje określone instalacje w ramach rodziny. Interfejs IVMRunner jest używany do uruchamiania określonej maszyny VM Java i rejestrowania jej procesów w module dodatkowym debugowania.
Pakiet org.eclipse.jdt.launching.sourcelookup.containers
definiuje klasy służące do znajdowania elementów kodu źródłowego w systemie plików.
Pakiet org.eclipse.jdt.debug.core obsługuje model debugowania oparty na modelu JDI/JDWP, który może być używany do kontrolowania programu Java podczas debugowania.
Pakiet org.eclipse.jdt.debug.eval udostępnia infrastrukturę służącą do wartościowania wyrażeń Java i zgłaszania wyników.
Pakiet org.eclipse.jdt.debug.ui.launchConfigurations definiuje karty konfiguracji startowej dla lokalnych i zdalnych aplikacji Java.