Jedním z nejpodstatnějších bodů v konceptech PDE, kterému je třeba porozumět, je rozdíl mezi hostitelskou a běhovou instancí pracovní plochy.
Když spustíte pracovní plochu, používáte ji k práci na projektech vámi vytvářených modulů plug-in. Instance pracovní plochy , kterou máte spuštěnu a ve které pracujete na vývoji modulu plug-in pomocí PDE a jiných nástrojů, se nazývá instancí hostitele. Funkce dostupné v této instanci pochází výhradně z modulů plug-in, které byly nainstalovány společně s vaší aplikací.
V okamžiku, kdy jste s modulem plug-in hotovi a chcete jej otestovat, je možné spustit jiný typ instance pracovní plochy, a to tzv. běhovou instanci. Tato instance bude obsahovat tytéž moduly plug-in jako hostitelská instance, avšak současně již také moduly plug-in, na kterých jste doposud v hostitelské instanci pracovali. Spouštěč PDE se postará o sloučení vámi vytvořených modulů plug-in s hostitelskými moduly plug-in a vytvoří běhovou instanci.
Cílovou platformou je míněn produkt Eclipse, na kterém budou vámi vyvíjené moduly plug-in kompilovány a testovány. Cílová platforma proto musí být totožná s platformou, na které plánujete vámi vytvořené moduly plug-in zavést.
Umístění cílové platformy nastavíte na stránce předvoleb Cílové platformy > vyvíjených modulů plug-in Ve výchozím nastavení je cílová platforma totožná s platformou, na které je produkt vyvíjen, avšak toto nastavení není povinné. Jako cílová platforma může být nastaven jakýkoliv produkt založený na Eclipse. Například pokud chcete využít výhod nových a vylepšených funkcí Eclipse 3.0 při vývoji modulů plug-in, které mají být zaváděny v prostředí založeném na Eclipse verze 2.x, můžete nastavit Eclipse 3.0 jako vývojovou platformu a produkt založený na Eclipse 2.x jakožto platformu cílovou .
Seznam veškerých modulů plug-in nalezených na cílové platformě v umístění, které určil uživatel, je uveden na stránce předvoleb. Nicméně cílovou platformu konstituují pouze explicitně zaškrtnuté moduly plug-in, ostatní moduly plug-in PDE ignoruje. Ve výchozím nastavení jsou zatrženy všechny moduly plug-in.
V procesu vývoje modulů plug-in v Eclipse budete při spouštění běhové pracovní plochy používat moduly plug-in ze dvou zdrojů: pracovní plochy hostitelské instance a cílové platformy. PDE se však všechny moduly plug-in jeví jako rovnocenné, bez ohledu na to, jaký je jejich zdroj. Několik existujících výjimek uživatel snadno rozpozná.