A lerakatkezelési rendszer jelenléte előírhatja a fájlok speciális kezelését. Néhány fájlt például ki kell hagyni a verziókövetésből. Néhány szolgáltató a szöveges és bináris fájlokat speciálisan kezeli. A csapatbedolgozó megadja a kiterjesztési pontokat, amelyek segítségével a bedolgozók a fájltípusokkal kapcsolatos információkat biztosíthatnak. Az összes esetben a speciális kezelés végül a felhasználó feladata a csapat Beállításlapon. Ezen kiterjesztések segítségével a bedolgozók a bedolgozó számára megfelelő értékeket adhatnak a beállításoknak.
Számos esetben nem szükséges adott fájlokat lerakatvezérlés alatt tartani. A meglévő erőforrásokból származtatott erőforrások például gyakran lekérhetők a lerakatból. A lefordított forrásfájlok (mint a Java ".class" fájlok) például lekérhetők, mivel a megfelelő forrásfájl (".java") megtalálható a lerakatban. Elképzelhető, hogy a lerakatszolgáltatók által előállított metaadat-fájlok verziókövetése nem javasolt. Az org.eclipse.team.core.ignore kiterjesztési pont segítségével a szolgáltatók megadhatják azokat a fájltípusokat, amelyeket a lerakatszolgáltató-műveletek esetén figyelmen kívül kell hagyni. A CVS ügyfél például az alábbit adja meg:
<extension point="org.eclipse.team.core.ignore"> <ignore pattern = ".#*" selected = "true"/> </extension>
A leírónyelv egyszerűen megad egy fájlnévmintát, amelyet figyelmen kívül kell hagyni, és egy kiválasztott attribútumot, amely megadja a fájltípus alapértelmezett választási értéket a beállítások párbeszédablakban. Végül a felhasználónak el kell döntenie, hogy mely fájlokat kell figyelmen kívül hagyni. A felhasználó fájltípusokat törölhet, jelölhet ki vagy megszüntetheti a kijelölést a figyelmen kívül hagyott fájlok alapértelmezett listájában.
Néhány lerakat különböző kezelést vaslósít meg a szöveges illetve bináris fájlokhoz. Az org.eclipse.team.core.fileTypes kiterjesztés segítségével a bedolgozók a fájltípusokat szöveg- vagy bináris fájlként határozhatják meg. A Java eszközkezelés például az alábbit adja meg:
<extension point="org.eclipse.team.core.fileTypes"> <fileTypes extension="java" type="text"/> <fileTypes extension="classpath" type="text"/> <fileTypes extension="properties" type="text"/> <fileTypes extension="class" type="binary"/> <fileTypes extension="jar" type="binary"/> <fileTypes extension="zip" type="binary"/> </extension>
A leírónyelv segítségével a bedolgozók kiterjesztés alapján megadhatják a fájltípust, és hozzárendelhetnek egy szöveges vagy bináris típust. A figyelmen kívül hagyott fájlokhoz hasonlóan végül a felhasználó kezeli a szöveges és bináris fájltípusok listáját.