Přítomnost systému správy úložišť si může vynutit potřebu zvláštního zacházení se soubory. Některé soubory by například měly být ze správy verzí vynechány. Někteří poskytovatelé zacházejí s textovými soubory jinak, než se soubory binárními. Týmový modul plug-in definuje body rozšíření, které umožňují, aby jiné moduly plug-in poskytovaly informace o příslušných typech souborů. Ve všech případech je zvláštní způsob zacházení ponechán na konečném rozhodnutí uživatele prostřednictvím týmové stránky předvoleb. Tato rozšíření umožňují modulům plug-in testovat předvolby s hodnotami odpovídajícími danému modulu plug-in.
V některých případech může být nezbytné ponechat určité soubory pod kontrolou úložiště. Například prostředky odvozené od existujících prostředků lze často z úložiště vynechat. Například lze vynechat kompilované zdrojové soubory (jako např. soubory ".class" prostředí Java), neboť jejich odpovídající zdrojový soubor (".java") je v úložišti. Rovněž nemusí být vhodné spravovat verze u souborů metadat, které generují poskytovatelé úložiště. Bod rozšíření org.eclipse.team.core.ignore umožňuje poskytovatelům deklarovat typy souborů, které by měly být z pohledu operací poskytovatele úložiště ignorovány. Například klient CVS deklaruje následující:
<extension point="org.eclipse.team.core.ignore"> <ignore pattern = ".#*" selected = "true"/> </extension>
Tento markup jednoduše deklaruje vzor názvu souboru, který by měl být ignorován, a atribut selected (vybraný), jenž deklaruje výchozí hodnotu volby typu souboru v dialogovém okně předvoleb. Na uživateli je pak konečné rozhodnutí o tom, které soubory by se měly ignorovat. Uživatel může ve výchozím seznamu ignorovaných souborů vybírat typy souborů, rušit jejich výběr, přidávat je, nebo je odstraňovat.
Některá úložiště implementují rozdílné zacházení s textovými a binárními soubory. Rozšíření org.eclipse.team.core.fileTypes umožňuje, aby moduly plug-in deklarovaly typy souborů jako textové nebo binární. Například nástroje Java deklarují následující:
<extension point="org.eclipse.team.core.fileTypes"> <fileTypes extension="java" type="text"/> <fileTypes extension="classpath" type="text"/> <fileTypes extension="properties" type="text"/> <fileTypes extension="class" type="binary"/> <fileTypes extension="jar" type="binary"/> <fileTypes extension="zip" type="binary"/> </extension>
Tento markup umožňuje, aby moduly plug-in definovaly typ souboru pomocí přípony a přiřadily typ textový nebo binární. Podobně jako u ignorovaných souborů je opět na konečném rozhodnutí uživatele, jak bude řídit seznam textových a binárních typů souborů.