Jedne z najważniejszych pojęć środowiska PDE to instancje macierzysta i wykonawcza środowiska roboczego.
Po uruchomieniu środowiska roboczego jest ono używane do pracy nad projektami, w których definiuje się budowane moduły dodatkowe. Instancja środowiska roboczego uruchamiana na potrzeby pisania modułów dodatkowych przy użyciu środowiska PDE i innych narzędzi to instancja macierzysta. Funkcje dostępne w tej instancji pochodzą wyłącznie z modułów dodatkowych instalowanych wraz z aplikacją.
Kiedy moduł dodatkowy jest już gotowy i trzeba go przetestować, można uruchomić inną instancję środowiska roboczego - instancję wykonawczą. Ta instancja będzie zawierała te same moduły dodatkowe co instancja macierzysta, a także moduły dodatkowe tworzone w instancji macierzystej. Program uruchamiający środowiska PDE zajmie się scaleniem utworzonych modułów dodatkowych z macierzystymi modułami dodatkowymi oraz utworzeniem instancji wykonawczej.
Pojęcie platformy docelowej odnosi się do produktu Eclipse, dla którego tworzone moduły dodatkowe zostaną skompilowane i przetestowane. Platforma docelowa musi być tą samą platformą, w ramach której moduły dodatkowe będą wdrażane.
Położenie platformy docelowej jest określane na stronie preferencji Programowanie modułów dodatkowych > Platforma docelowa. Domyślnie platforma docelowa to ta sama platforma, która jest używana do programowania, ale nie jest to wymagane. Platformą docelową może być dowolny produkt utworzony na podstawie platformy Eclipse. Aby na przykład wykorzystać najnowsze i najbardziej zaawansowane funkcje platformy Eclipse 3.0 podczas tworzenia modułów docelowych w produkcie bazującym na platformie Eclipse 2.x, można użyć platformy Eclipse 3.0 jako platformy programistycznej, a produktu bazującego na platformie Eclipse 2.x jako platformy docelowej.
Na stronie preferencji wyświetlana jest lista wszystkich modułów dodatkowych znalezionych w położeniu platformy docelowej określonym przez użytkownika. Jednak platformę docelową utworzą tylko zaznaczone moduły dodatkowe; pozostałe zostaną zignorowane przez środowisko PDE. Domyślnie wszystkie moduły dodatkowe są zaznaczone.
Podczas tworzenia modułów dodatkowych dla platformy Eclipse zestaw modułów dodatkowych, które zostaną użyte do uruchomienia wykonawczego środowiska roboczego, pochodzi z dwóch różnych miejsc: z obszaru roboczego instancji macierzystej i z platformy docelowej. Chociaż środowisko PDE nie rozróżnia modułów dodatkowych w zależności od miejsca, z którego pochodzą, jest kilka różnic, które szybko stają się oczywiste dla użytkowników.